E-Post Mail Server / E-Post SMTP Serverでは、EPSTRSのバージョン4.60以降（2009.01.21リリース）で、中間証明書のある３階層の証明書まで、プログラムとしては既に対応済みです。ただし、Mail Controlの「SSL設定」タブ画面では設定できる証明書ファイルが１つに限られていますので、事前の作業として、証明書ファイルに中間証明書の内容を結合させる手順が必要になります。
具体的にはたとえば、テキストエディタで開いた３階層の証明書ファイル内の行末に、同じくテキストエディタで開いた中間CA証明書の（-----BEGIN CERTIFICATE-----） から （-----END CERTIFICATE-----）までをそれぞれコピーしたものを貼り付けます。つまり、３階層目の部分を上に、２階層目の中間証明書の部分を下にする形です。
Mail Controlの「SSL設定」タブ画面では、そのようにして作業を行って保存した証明書ファイルを指定するようにします。